「ポケットモンスター スカーレット」の舞台はパルデア地方となり、主人公は「スカーレット」ではオレンジアカデミーという学校に在籍する生徒としてポケモンを集める冒険の旅に出る事になります。本作ではオープンワールドを採用しており、ストーリーで決められた順序がなく、どのジムからでも自由に挑戦できるなど、従来のポケモンとは違った新しい冒険体験ができます。また本作はバイオレットとの分作で、入手できるポケモン、冒険に付いて来る伝説のポケモン、舞台になる学校、などいろいろな部分が異なります。

本作はストーリーの順序は特にありませんが、「宝探し」というコンセプトで3つの大きなエピソードが用意されています。雄大なパルデア地方を自由に冒険する中で、各地に存在する8つのジムに訪れてジムリーダーを倒しチャンピオンランクを目指す「チャンピオンロード」。ポケモン勝負が苦手なペパーに協力を求められた主人公はヌシポケモンに挑むことになる、という「レジェンドルート」。学校のやんちゃな生徒たちが結成した「スター団」のアジトにいるボスをこらしめるために乗り込む「スターダスト★ストリート」。以上3つの物語が紡がれます。