本作は2004年にリリースされたゲームキューブ用ソフト「ペーパーマリオRPG」のリメイク作品になります。全てが紙で作られた世界の中でマリオ達が大活躍するアクションやバトルが特徴的なRPGであり、マリオが紙飛行機になって空を飛ぶ、船になって川を渡る、などの「紙」という特性を活かしたRPG。ピーチ姫やクッパなどシリーズおなじみのキャラクターの他にもクリボーの女子大生「クリスチーヌ」や雲の妖精「クラウダ」などの個性豊かなキャラクターたちがマリオの仲間になります。

「地下にはむかしの街のお宝が今もそのまま残っている」1000年の扉の財宝伝説が今も残っている港町ゴロツキタウン。ピーチ姫がキノコ王国を巡る旅をしている途中、ゴロツキタウンに立ち寄り、物売りのおばあさんから綺麗な箱を受け取ります。しばらく経ったある日、マリオのもとにピーチから「一緒に財宝を探して欲しい」と謎の地図が同封された手紙が届きゴロツキタウンに向かうがピーチの姿はありません。町で出会った考古学者からその地図は財宝の在処を示している、と教えられたマリオは宝を追っていけばピーチ姫とめぐり会えるだろうと思い、新たな冒険に旅立ちます。