フラワー王国でフロリアン王子のパーティに招待されたマリオたちの前にクッパ軍団が襲来。王国から奪ったワンダーフラワーの力で王国を混乱に陥れるクッパの悪事を阻止するための旅を始める事になります。ユニークなマリオのパワーアップやコースが一変するワンダーフラワーなど楽しい仕掛けが満載のアクションゲームです。

2000以上のアイデア案を集めて作られたと言われる本作は楽しい要素が満載となっています。恒例のマリオのパワーアップも鼻で攻撃したり、鼻に水を溜めて噴射したりするなどできる「ゾウマリオ」や敵を泡で閉じ込めたり泡を足場に使ったりできる「アワマリオ」など、どれもユニークです。さらに地形やギミック、プレイヤーや敵の外見などにさまざまな変化が起こる「ワンダーフラワー」や便利なアクションを追加。コースのギミックも多彩でまさにワンダーなマリオです。